Hoewel de watervoorziening in het kinderdorp prima is geregeld, blijft schoon water een schaars goed waar verstandig mee moet worden omgegaan. En ook het vuile water moet goed worden verwerkt. Daarom wordt het douche- en waswater gebruikt om de toiletten door te spoelen. Het spoelwater wordt opgevangen in twee opeenvolgende septic tanks en vervolgens verder gereinigd door een soakaway. Als het gezuiverde water uiteindelijk in de grond verdwijnt bevat het geen vervuiling meer, zodat de 80 meter heuvelop gelegen waterbronnen niet worden verontreinigd.
Regenwater
Het water in Mkuranga komt niet alleen uit de grond, maar ook uit de lucht, en soms zelfs heel veel. Om te zorgen dat in de regentijd geen overlast of schade aan gebouwen of grond ontstaat, wordt het regenwater zoveel mogelijk opgevangen en afgevoerd. Dit gebeurt door het het regenwater dat op de daken valt op te vangen in doorlopende dakgoten en het water dat op het terrein valt te verzamelen via een uitgekiend systeem van afwateringsgoten, waarmee ook het opgevangen water van de daken afgevoerd wordt.
Waar de gebouwen niet op elkaar aansluiten zijn ze verbonden via overdekte paden, zodat ook in de regentijd het kinderdorp optimaal kan functioneren. Deze centraal gelegen paden worden gebouwd bovenop de centrale waterafvoergoten, waardoor je dus eigenlijk ‘bovenop het water’ loopt.
Irrigatie
Op termijn wordt ook de aanleg van een of meer bassins overwogen waar het regenwater van de centrale afwateringsgoten kan worden verzameld. Deze watervoorraad kan dan worden aangewend voor irrigatie van ca. 10 hectare grond rondom het kinderdorp. De opbrengst van gewassen kan daarmee worden verhoogd, waarmee het dorp ook zelf in een deel van de exploitatiekosten kan gaan voorzien.